与纯文本不同，运行代码存在风险，每个代码块的风险等同于可执行文件。因此 Org 默认添加多项确认提示，提醒普通用户避免意外运行不受信任的代码。
不常运行或编写代码块的用户，Org 默认设置已足够。部分用户可能希望调整提示以减少中断，以下是代码执行的相关风险说明。
Org 在以下场景执行代码：
Org 导出时会执行 Org 文件中的源代码块，按下 C-c C-c 也可执行代码块。导出或运行代码块的用户仅应加载受信任来源的文件，谨慎自定义移除或修改默认安全措施的变量。
为 t 时，执行每个代码块前提示用户确认；为 nil 时，直接执行代码块不提示。若设置为自定义函数，Org 会以源代码语言和代码块内容为参数调用该函数，函数返回 t 或 nil 决定是否提示，可通过该参数分别处理不同源代码语言。
以下示例实现不提示直接执行 ditaa 代码块：
(defun my-org-confirm-babel-evaluate (lang body) (not (string= lang "ditaa"))) ; 不提示 ditaa (setq org-confirm-babel-evaluate #'my-org-confirm-babel-evaluate)
Org 有两种可直接执行代码的链接类型（参见 External Links）。由于代码不可见，这类链接存在潜在风险，因此 Org 遇到此类链接时会提示用户，相关自定义变量为：
执行 shell 链接前提示用户的函数。
执行 Emacs Lisp 链接前提示用户的函数。
表格中的公式（参见 The Spreadsheet）由 Calc 解释器或 Emacs Lisp 解释器执行。